Sự ra đời của Công ty 59 được đánh dấu bằng mốc son lịch sử đầu tiên đó là sau ngày 30/4/1975 miền Nam Việt Nam hoàn toàn giải phóng đất nước vẹn toàn thống nhất. Để phục vụ cho việc thu gom, sản xuất doanh cụ bàn ghế làm việc và các dụng cụ sinh hoạt cho các gia đình cán bộ khu vực phía Nam, Cục Quản lý Giáo dục đã tổ chức, thành lập một bộ phận trực thuộc với tên gọi - Cơ sở Mộc (là tiền thân của Công ty 59) trú đóng tại địa chỉ số 5B, Phạm Ngũ Lão, quận Gò Vấp, TP. Hồ Chí Minh. 

Giai đoạn khởi đầu của Công ty 59 còn được đánh dấu bằng mốc lịch sử hình thành của Công ty 56, đó là ngày 13/12/1971, Cục trưởng Cục Quản lý Giáo dục ra quyết định số 929/G9-QĐ sáp nhập thống nhất giữa Đại đội 6, Công trường số 5 và một số cán bộ nhân viên thuộc Ban Doanh trại thành một đơn vị xây dựng ở phía Bắc gọi là “Công trường 56”. Ngày 07/8/1976, Bộ Tổng Tham mưu ra Chỉ thị số 582/CT-TM giao cho Cục Quản lý Giáo dục tuyển lựa công nhân lành nghề bổ sung cho công tác xây dựng, sửa chữa ở phía Nam và từ đây Công trường 56 chính thức hoạt động và phát triển tại khu vực miền Nam.

Sau chặng đường dài phấn đấu phát triển, Công ty 59, Công ty 56 không ngừng lớn mạnh, được nhiều lần đổi tên, bổ sung chức năng ngành nghề, mở rộng qui mô sản xuất, vị thế và tầm hoạt động ngày một nâng cao.

Thực hiện Quyết định của Thủ tướng Chính phủ phê duyệt phương án tổng thể sắp xếp, đổi mới doanh nghiệp Nhà nước, Bộ trưởng Bộ Quốc phòng ra quyết định hợp nhất, sáp nhập chia tách và chuyển đổi. Đến nay, Công ty 59 đã có một thế mạnh vững chắc, là hợp lực của 3 Công ty (Công ty 59, Công ty 59 và Công ty 489):

Ngày 12/05/1999: Hợp nhất Công ty 56 và Công ty 59.

Ngày 09/09/2003: Sáp nhập Công ty 489 vào Công ty 59.

Ngày 05/07/2007: Tách Chi nhánh Hà Nội - Công ty 59 thành đơn vị trực thuộc Bộ Tổng Tham mưu.

Ngày 12/08/2010: Chuyển đổi Công ty 59 thành Công ty TNHH MTV 59.

Công ty TNHH MTV 59 được chuyển đổi từ Công ty 59 theo quyết định số 2945/QĐ-BQP ngày 12/08/2010 của Bộ trưởng Bộ Quốc phòng. Sau khi được chuyển đổi, mặc dù gặp rất nhiều khó khăn trước tình hình chung của ngành xây dựng phải chịu sự canh tranh gay gắt của cơ chế thị trường, sự biến động về tổ chức biên chế, nguốn vốn eo hẹp… Nhưng với ý chí kiên định, với phương châm “giữ uy tín, chất lượng, kỹ, mỹ thuật sản phẩm” và mục tiêu phát triển đảm bảo “an toàn, hiệu quả, từng bước phát triển vững chắc”, tổ chức nguồn nhân lực tinh, gọn, hiệu quả, các đơn vị thành viên trực thuộc đều có quy mô tổ chức sản xuất và dây truyền công nghệ xây dựng hoàn chỉnh, đủ khả năng đảm trách công tác khảo sát, thi công và nhận thầu xây lắp các công trình trên toàn lãnh thổ Việt Nam. Đến nay, Công ty đã chính thức trở thành một nhà thầu chuyên thi công xây lắp và một nhà đầu tư chuyên nghiệp, có uy tín, đủ sức cạnh tranh trong cơ chế thị trường và sẵn sàng hội nhập quốc tế.

Trong lĩnh vực quân sự: Công ty 59 luôn tự hào là đơn vị quân đội được giao thi công và đã hoàn thành, đảm bảo chất lượng, kỹ mỹ thuật, tiến độ các công trình trọng điểm của Bộ Quốc phòng như: Nhà A1 - Sở chỉ huy Bộ Quốc Phòng, Nhà B2 - Tổng Cục Chính trị và một số công trình mang ý nghĩa chính trị đặc biệt như: Đường tuần tra biên giới; Đường Trường Sơn Đông; Lữ đoàn 189 Cam Ranh.

Trong lĩnh vực dân sự: Công ty đã tập trung, chuyên sâu vào các sản phẩm công trình dân dụng và đã được chủ đầu tư đánh giá cao về chất lượng đối với các mảng xây dựng về cơ sở hạ tầng, trung tâm văn hóa, trường học, trụ sở làm việc, khu công nghiệp.

Trong lĩnh vực hoạt động đầu tư: Trong tình hình suy thoái kinh tế, hoạt động xây lắp gần như không hiệu quả, Công ty đã dự đoán và chọn thời điểm thích hợp nhất để dần dần chuyển hướng kinh doanh từ một đơn vị chuyên nhận thầu xây lắp thuần túy sang lĩnh vực đầu tư. Các dự án Công ty làm chủ đầu tư chủ yếu trên địa bàn TP.HCM và đều hoạt động hiệu quả như: Dự án tòa nhà văn phòng số 09 Đinh Tiên Hoàng, Quận 1; Dự án Trung tâm thương mại 792 Nguyễn Kiệm; Dự án văn phòng kết hợp làm kinh tế 26 Phan Văn Trị, Q.Gò Vấp; Dự án Trung tâm Thương mại - Thể thao Quốc phòng 15 - 17 Cộng Hòa, P4, Q.Tân Bình; Dự án khu hậu cần kỹ thuật của Công ty 59 tại khu Trung Mỹ Tây, Quận 12…

Ngoài ra, nhiệm vụ bán hóa giá nhà và bán nhà ở theo Nghị định 61/CP ngày 05/7/1994 của Chính phủ, Công ty đã giải quyết phần lớn quỹ nhà tại TP. Hồ Chí Minh, hàng năm đều đạt và vượt chỉ tiêu kế hoạch đề ra.

Cán bộ, chiến sĩ, công nhân viên Công ty 59 luôn phấn khởi và tự hào với những thành tích và kết quả đã đạt được, Công ty 59 thực sự đã trưởng thành và ngày càng lớn mạnh. Dù nhiệm vụ trước mắt còn nhiều nặng nề nhưng đó cũng là cơ sở để cán bộ, chiến sĩ, công nhân viên Công ty 59 tiếp tục phấn đấu, giữ vững ổn định, chủ động hội nhập kinh tế thị trường, phát triển thương hiệu hình ảnh nhằm tăng sức cạnh tranh, tạo niềm tin vững chắc với khách hàng, hội nhập kinh tế khu vực và thế giới. Tiếp tục khẳng định là một trong những Doanh nghiệp mạnh, kinh doanh hiệu quả của Bộ Tổng Tham mưu cũng như của Quân đội, góp phần thực hiện thắng lợi công cuộc đổi mới và sự nghiệp công nghiệp hoá, hiện đại hoá đất nước.